Mye strukturell variasjon i det humane genomet

Trine B. Haugen Om forfatteren
Artikkel

Antall strukturelle varianter i det humane genomet er langt større enn tidligere antatt. Mange av disse kan tenkes å påvirke genuttrykket og ha implikasjoner for sykdomsutvikling.

Strukturelle varianter av både små og store segmenter i det human genomet er utbredt og har sannsynligvis større betydning for fenotypisk variasjon enn enkeltnukletidpolymorfismer. Variantene inkluderer delesjoner, insersjoner, kopiantall, inversjoner og ulike kombinasjoner av rearrangeringer. Analysene som hittil har vært benyttet, har imidlertid ikke vært gode nok til å lokalisere bruddstedene. Forskere fra USA, Tyskland og Sveits har nå benyttet en metode de nylig har utviklet til å gi mer nøyaktig informasjon om strukturvarianter (1).

Ved hjelp av teknikken de brukte, «paired-end mapping» (PEM), kan man raskt lokalisere bruddsteder i genomet. PEM-analyse av DNA fra to individer med ulik etnisk bakgrunn viste at antall strukturvarianter blant mennesker er langt større enn tidligere antatt. Mekanismen bak danningen av varianter synes å ha stor sammenheng med ulike repetitive sekvensmønstre, bl.a. med bakgrunn i virale integrasjoner i genomet.

– Disse resultatene kommer ikke minst som følge av ny teknologisk utvikling, både innen mikromatriseteknologi og nå også med ny sekvenseringsteknologi som kan levere sekvensinformasjon i en helt ny skala, sier professor Eivind Hovig ved Avdeling for tumorbiologi, Radiumhospitalet. Slike teknikker er henholdsvis etablert (2) eller er under etablering (3) i Norge.

– Vi ser her et begynnende paradigmeskifte innen forståelsen av hva som forårsaker variasjon blant individer og dermed også disposisjon for ulike sykdommer. Tidligere estimat på rundt 1 % variasjon i arvemassen kan trygt oppjusteres til 10 – 20 % av genomet, selv blant friske mennesker, sier Hovig.

Anbefalte artikler