Analyse av DNA-varianter

Doktoravhandlinger
    ()

    sporsmal_grey_rgb
    Artikkel

    Kreft oppstår som en konsekvens av uopprettelige skader i viktige deler av arvematerialet. Skadene er forskjellige fra krefttilfelle til krefttilfelle, men skyldes ofte mutasjoner i tumorsuppressorgener og onkogener. Skadene akkumuleres i premaligne celler som etter hvert viser større og større grad av aggressivitet, invasivitet og autonomi. Flere studier har vist korrelasjon mellom medisinsk intervensjon og forskjellige skader og polymorfier i kreftcellenes DNA. For eksempel er det rapportert at 5-fluorouracil gir redusert terapeutisk effekt i behandlingen av coloncancer ved tilstedeværelse av k-ras- eller TP53-mutasjoner i kreftcellene. Videre er det vist at polymorfier i genet dihydropyrimidin dehydrogenase fører til forskjellig omsetning av 5-fluorouracil. Lav omsetning fører til økt konsentrasjon og toksiske bivirkninger på blodceller, nervesystemet og mage-tarm-kanalen. Høy omsetning gir suboptimal konsentrasjon av 5-fluorouracil i kreftcellene. I dag er det ikke rutine å analysere mutasjoner og polymorfier forut for medisinsk adjuvant behandling av cancer.

    I avhandlingen vises det at ulike DNA-skader og polymorfier i arvematerialet kan analyseres i store grupper av pasienter med høy presisjon og enkel analyse. Metoden som er utviklet, bygger på DNA-smelteteori som beskriver oppsmelting av dobbelttrådig DNA til enkeltrådig DNA under påvirkning av temperatur eller kjemisk denaturant. Forskjellige DNA-sekvenser smelter på en karakteristisk måte og kan separeres under elektroforese. Ved applisering av DNA-smelteteori på kommersielt tilgjengelige kapillar elektroforese-instrumenter, kan mutasjoner i forskjellige DNA-sekvenser identifiseres direkte i store materialer (96 DNA-prøver per 30 minutter). Dette kan gjøres med høy sensitivitet og reproduserbare resultater til lave kostnader.

    De siste årene har mikromatriseteknikk (micro-array) gjort det mulig å undersøke flere geners funksjonelle uttrykk i samme undersøkelse. Konsekvensen av dette er at man kan få et mer fokusert søk etter viktige gener i forskjellige biokjemiske prosesser. Innen kreftforskning vil man sannsynligvis ved denne teknikken kunne identifisere gensekvenser som er viktig i tumorigenese og som kan føre til subklasifikkasjon av forskjellige krefttyper. For å kunne utnytte informasjon fra denne type teknikker i diagnose, prognose og behandlingsøyemed er det viktig med hurtige og sensitive metoder for enkeltgenanalyse.

    Smeltegelteknikk som er brukt i avhandlingen, kan brukes på store deler av arvematerialet med små justeringer. Metodologien som er beskrevet i avhandlingen er generell og kan appliseres til alle kommersielt tilgjengelige kapillar elektroforese-instrumenter designet for DNA-analyse. Videre er teknikken enkel. Kun to trinn er nødvendig for identifikasjon av DNA-varianter, polymerasekjedereaksjon og denaturerende kapillar elektroforese.

    Avhandlingens tittel

    Avhandlingens tittel

    Automated denaturant capillary electrophoresis in DNA variation analysis

    Utgår fra

    Utgår fra

    Seksjon for immunterapi

    Avdeling for immunologi

    Radiumhospitalet

    Disputas 11.6. 2003

    Disputas 11.6. 2003

    Universitetet i Oslo

    PDF
    Skriv ut

    Anbefalte artikler

    Laget av Ramsalt med Ramsalt Media