Øystein Aagenæs er født 27.8. 1925 i Oslo og gikk på Ullevål skole og Berg gymnas, der han tok artium i 1944. Pga. krigen var videre studier lukket, og han gikk om igjen for å kunne komme inn på medisinstudiet. Under en milorgøvelse i Østmarka ble han arrestert og satt åtte måneder på Grini.
Etter krigen var det en del norske studenter som fikk innpass på medisinstudier i Danmark, bl.a. basert på om de hadde vært aktive under krigen. Øystein Aagenæs kom inn der og fikk eksamen i København i 1952. Etter turnustjeneste ble det sykehustjeneste dels i indremedisin, nevrologi og etter hvert ved Niels Steensens hospital med utdanning i diabetes. I 1962 forsvarte han avhandlingen Neurovascular examination on the lower extremities in young diabetics, with special reference to autonomic nerve dysfunction for den medisinske doktorgrad.
Fra 1959 arbeidet han ved barneavdelinger, og fra 1960 var han ansatt ved Rikshospitalets barneavdeling, først som kvalifikasjonskandidat, så assistentlege, reservelege og assisterende overlege og dosent fra 1968.
Barnediabetesinteressen var det lite rom for ved Rikshospitalet, og som nevnt kom pasienter med arvelig gallestase og lymfødem til avdelingen i 1962. Samtale med foreldrene viste at det var mange tilfeller i nær og fjernere familie.
I 1975 ble Aagenæs avdelingsoverlege og professor ved den nye barneavdelingen, Aker sykehus, og selv om avdelingen var organisatorisk utsatt fra første stund med hensyn til sammenslåing med Ullevål, noe som skjedde høsten 1998, lyktes det ham å etablere et godt faglig miljø og en avdeling med godt ry.
På den fagpolitiske side har Aagenæs vært aktiv i Norsk Pediatrisk Selskap, dels i styret, dels som formann i tiden 1971 – 73, og han har også vært i fagrådet for Norges Diabetesforbund i perioden 1966 – 80 og i flere internasjonale råd for diabetesorganisasjoner og forskning.
Han kjempet for etablering av et stort barnesenter der barneavdelingene ved Aker, Ullevål og Rikshospitalet skulle slås sammen. Det siste fikk han ikke til, men resten av hans arbeid har satt varige spor i norsk barnelegevirksomhet.