Doktoravhandlingen
I 1941 kom en ny artikkel med omtale av sju pasienter, men det var først i doktoravhandlingen fra 1947 at han presenterte et større materiale med 32 pasienter (9 – 11). 21. januar 1947 innleverte han avhandlingen ”Ventriculosisternostomi. En palliativ metode til behandling av forskjellige typer av obstruksjons-hydrocephalus”.
Bedømmelseskomiteen fant avhandlingen verdig til å forsvares for den medisinske doktorgrad. Fakultetet sluttet seg til komiteens innstilling. Disputasen skulle finne sted 4. februar 1948.
Axel Strøm (1901 – 85), som var professor i hygiene ved Universitetet i Oslo, meddelte imidlertid rektor Otto Lous Mohr (1886 – 1967) at en kontordame fra Rikshospitalet hadde fortalt at dr. Gunnar Røvig (1904 – 1973), en kollega fra samme avdeling, var blitt oppmerksom på at Torkildsen hadde en høyere dødelighet ved ventrikulocisternostomi enn den som var angitt i doktoravhandlingen. Røvig hadde derfor gått gjennom avdelingens operasjonsprotokoller for det tidsrom avhandlingen omfattet og hadde funnet noen tilfeller – alle døde pasienter – som ikke var tatt med i avhandlingen.
Den følgende dag ble Torkildsen innkalt til en konferanse hvor rektor, dekanus, professor Torleif Dale (1900 – 95) og Monrad-Krohn var til stede. Rektor kunne opplyse at det forelå sju journaler vedrørende operasjoner utført med ventrikulocisternostomi som ikke var med i avhandlingen. Torkildsen bekreftet dette, og fortalte at han til dels hadde måttet overlate til andre å samle inn de journaler det gjaldt. Han mente at bare fire av de sju falt inn under de indikasjoner for operasjon som var tatt med i arbeidet og at flere av de savnede journaler angikk pasienter som var operert med tilfredsstillende resultat. Rektor påpekte at når man valgte å benytte et materiale til en vitenskapelig avhandling man aktet å innlevere for doktorgraden, må man forutsees å vise ”en ganske særlig samvittighetsfullhet når det gjaldt å sikre seg at materialet virkelig var komplett”.
Bedømmelseskomiteen ble forelagt disse opplysninger og avgav en felles uttalelse, der det het at utelatelsene vitnet om en mangel på den omhyggelighet i innsamlingen som man venter å finne i en akademisk avhandling, og at dette forringet avhandlingens verdi, men at de var overbevist om at forfatteren ikke med vitende og vilje hadde utelatt disse tilfellene i den hensikt å skjule noe av sitt materiale, og at den forringelse av avhandlingens verdi som dette betydde, ikke gjorde arbeidet uverdig til å forsvares for den medisinske doktorgrad. De henstilte til Torkildsen å gjøre rede for det manglende materialet i en tilleggspublikasjon.
Under disputasen sa Torkildsen at så vidt han visste var nå alle kommet med og det var ham ganske ufattelig at ikke alle journalene var kommet med fra starten. Bedømmelseskomiteen fant så vel prøveforelesningene som forsvaret tilfredsstillende, og i møte 5. februar 1948 vedtok Det medisinske fakultet med 17 mot fire stemmer å innstille cand.med. Arne Torkildsen til den medisinske doktorgrad.
Det akademiske kollegium skulle behandle saken om Torkildsens doktorgrad allerede lørdag 7. februar. Dagen før henvendte imidlertid Torkildsen seg til dekanus og gjorde ham oppmerksom på at det fortsatt kunne være pasienter operert etter hans metode som ikke var kommet med. Under den fortsatte gjennomgåelse ble det funnet flere, slik at det nå var til sammen 16. Fakultetet besluttet da at saken vedrørende Torkildsens doktorgrad skulle utsettes.
Bedømmelseskomiteen ble bedt om å vurdere arbeidet på ny. De sakkyndige mente fortsatt at arbeidet, til tross for formelle svakheter, hadde så høy faglig verdi at Torkildsen burde kreeres til doctor medicinae. Saken ble behandlet i fakultetsmøte 1. juni, hvor også rektor var til stede, og hvor det med 16 mot tre stemmer ble vedtatt ikke å anbefale at Torkildsen ble kreert til doctor medisinae. Kollegiet fant under henvisning til fakultetets innstilling ikke å kunne tildele Torkildsen doktorgraden.