DNA-mikromatriser åpner nye dører i brystkreftforskning

Store krav til datateknologi

Den amerikanske genetikeren David Botstein var en av mange utenlandske forskere som holdt innlegg ved brystkreftkonferansen på Lillehammer. Han og kollegaen Patric Brown ved Stanford University i USA har ført an i arbeidet med å utvikle DNA-mikromatriseteknikken (4). Han sier at samarbeidet med Det Norske Radiumhospital og Haukeland Sykehus gir en unik mulighet til å prøve ut teknikken i kliniske studier av brystkreft.

– Målet for forskningen er å kartlegge ulike genotyper av brystkreft og undersøke hvordan genuttrykket påvirker effekten av ulike medikamenter. Ved Stanford har vi utviklet gode analysemetoder, mens Radiumhospitalet og Haukeland disponerer unike kliniske materialer fra pasienter som har fått definerte og standardiserte behandlingsopplegg, sier Botstein. Han fremhever at det norske kreftmaterialet er godt karakterisert med hensyn til flere genparametere, og at brystkreftpasientene er nøye fulgt opp.

– Dette gir et viktig grunnlag for å gå videre med nye genstudier med DNA-mikromatriser, sier den amerikanske forskeren.

Han er overbevist om at matriseteknikken snart vil bli en standardmetode innen cellebiologi og kreftforskning: – Først og fremst vil vi kunne klassifisere kreftsvulster etter genotype. Videre vil teknikken gjøre det mulig å påvise antigener som skiller mellom de ulike subtypene, slik at man kan finne frem til antistoffer som virker terapeutisk, sier han.

For å nyttiggjøre mikromatriseteknikken er det behov for å utvikle ny og bedre datateknologi: – Analysene genererer enorme mengder data som er både komplekse og ressurskrevende. Molekylærbiologer må samarbeide med matematikere og informatikere om å løse de datatekniske utfordringer i fremtiden, sier David Botstein.