– Spennende med ny teknologi og bedre diagnostikk

Ny teknologi for DNA-sekvensering er i ferd med å revolusjonere medisinsk diagnostikk og persontilpasset medisin. Nye, norske studier viser to ulike måter å bruke teknologien på.

Torunn Fiskerstrand, overlege ved Senter for medisinsk genetikk og molekylærmedisin ved Haukeland universitetssykehus, problematiserer dypsekvenseringen i lederartikkelen «Diagnostisk suksess med fallgruver» i denne utgaven av Tidsskriftet. Der skriver hun om bekymringen man har hatt til at man ved dypsekvensering også kan påvise genvarianter som gir risiko for annen type sykdom enn den som er relevant for problemstillingen. Hun skriver også at det er viktig at pasienten er klar over at de som analyserer genomdata ikke har plikt til å lete etter slike tilfeldige risikovarianter. 

– Det er generelt svært krevende å tolke genvarianters betydning for sykdom, og de som skal motta prøvesvarene må også ha et visst nivå av tilsvarende kunnskaper, ellers kan de feiltolke svaret, skriver hun.

Ser frem til nasjonal strategi

De to originalartiklene som blir presentert i denne utgaven av Tidsskriftet viser at det i disse to studiene var liten risiko for å oppdage annen type sykdom enn den som er relevant for problemstillingene, men også disse studiene tok opp bekymringen.
Fiskerstrand skriver at man innenfor det medisinsk, genetiske fagfeltet nå har store forventninger til den nasjonale strategien for persontilpasset medisin som er under utarbeiding.

– Det er nemlig mange utfordringer som må møtes dersom dypsekvenseringsteknologi skal bli en suksessfaktor for persontilpasset medisin i nær fremtid, skriver hun.

LES HELE LEDEREN «Diagnostisk suksess med fallgruver»

Diagnostisk eksomsekvensering

Den nye teknologien for DNA-sekvensering gjør det mulig å studere alle menneskets gener samtidig i én analyse. Sammenlignet med tradisjonell DNA-sekvensering (Sanger-sekvensering) er den nye, mer dyptgående sekvenseringen mer effektiv fordi man kan undersøke alle gener parallelt – ikke kun teste utvalgte gener.
I en retrospektiv studie utført ved Seksjon for medisinsk genetikk ved Sykehuset i Telemark ble metoden med diagnostisk eksomsekvensering benyttet på pasienter med antatt arvelig syndrom eller nevrologisk sykdom som hadde vært under utredning i flere år.

– Selve bruken av teknologien startet i doktorgradsprosjektet til Helle Høyer. Vi så at en del av pasientene ikke fikk noen diagnose ved bruk av den tradisjonelle Sanger-sekvenseringen, og sekvenseringsteknologien utviklet seg og vi fikk mulighet til å sekvensere flere gener. Det fungerte så godt at vi kunne ta teknologien inn i klinikken, sier Øystein Lunde Holla, hovedforfatter av originalartikkelen «Diagnostisk eksomsekvensering – norske erfaringer» og fagansvarlig for dypsekvensering på Seksjon for medisinsk genetikk ved Sykehuset i Telemark.

– Givende å hjelpe

Resultatet av studien viser at en tredel av pasientene fikk en årsaksdiagnose og det ble påvist sekvensvarianter som antas å forårsake pasientens tilstand i 15 av 46 slekter. I tillegg fikk 12 probander påvist varianter av ukjent betydning.

– Jeg synes studien har vært vellykket. Det har vært veldig givende å bruke ny teknologi for å utrede familier som har brukt mange år på å få en diagnose for deres barn – flere har blitt vurdert av mange spesialister i inn- og utland. Det har vært spennende å se at ny teknologi kan bedre diagnostikken for slike pasienter, oppsummerer Holla.

LES HELE ORIGINALARTIKKELEN «Diagnostisk eksomsekvensering – norske erfaringer»

Diagnostiserte arvelige perifere nevropatier

Parallelt med studien omtalt over ble det også utarbeidet en annen studie ved Sykehuset Telemark om dypsekvensering. I den studien ble det gjort en retrospektiv gjennomgang av prøver fra 96 pasienter under utredning for arvelig perifer nevropati. Prøvene ble dypsekvensert utfra et genpanel bestående av 52 arvelige perifere nevropatigener.

– Bakgrunnen for igangsetting av studien var at vi hadde mange pasienter henvist til oss med den type problemstilling. Det var få av pasientene vi klarte å finne noen klar diagnose hos med den gamle metoden og det var frustrerende, sier Helle Høyer, hovedforfatter og forsker ved Seksjon for medisinsk genetikk ved Sykehuset Telemark.

Fortsatt mange uten diagnose

Resultatet av denne studien avdekket en genetisk årsak til perifer nevropati hos 35 av pasientene, altså drøyt 30 prosent, hvorav 28 var punktmutasjoner identifisert ved dypsekvensering. Det er mer enn dobbelt så mange som ved tradisjonell DNA-sekvensering.

– Studien har gitt et positivt resultat. Det har vært en veldig god utvikling – flere får en diagnose og kortere tid før de får et utredningssvar, men det er klart det er mange pasienter vi fortsatt ikke klarer å gi en diagnose, sier Høyer.

LES HELE ORIGINALARTIKKELEN «Arvelige perifere nevropatier diagnostisert med dypsekvensering»